Noviomagus, capitale des Lexovii, devient au Moyen Age le siège d'un des sept évêchés de la province de Rouen. L'évêque est le comte de Lisieux, sur un territoire correspondant à la ville et aux sept paroisses de sa banlieue. La cathédrale est dédicacée en 1055, par l'évêque Hugues, et ses murailles sont pourvues d'une nouvelle enceinte en 1135. Henri Plantagenêt et Aliénor d'Aquitaine se marient dans la cathédrale de Lisieux en 1151.

Durant la guerre de cent ans, le sort de Lisieux est celui de la plupart des villes normandes : elle subit de nombreuses destructions avant d'être finalement reprise par les troupes de Charles VII lors de la reconquête de la Normandie.

Les Guerres de Religion sont une nouvelle période de troubles : la ville est prise par les Protestants en 1562, puis reprise par les Catholiques. Il n'y pas de massacres à déplorer en revanche, peut-être grâce à la protection dont l'évêque couvre les Protestants de la ville. En 1590, Lisieux, ville Ligueuse et farouchement partisane du duc de Mayenne, est prise par Henri IV au terme d'un siège de quelques mois. Ce sera la dernière participation de Lisieux aux révoltes contre le roi de France : elle prend certes parti pour la Fronde, mais se soumet assez vite.

Par la suite, l'histoire de la ville ne se détache pas réellement de l'histoire de la Normandie jusqu'à la Révolution. Lisieux suit les différentes phases de cette période, du royalisme fervent à la monarchie constitutionnelle, en passant par une période de Terreur, puis d'apaisement. Il faut noter cependant la persistance de sympathies royalistes fortes, du moins si l'on en croit les archives de la police, ainsi que la présence de Chouans dans le Pays d'Auge en 1793 et durant l'an II. Ils sont alors assimilés et sans doute confondus au "brigandage", pas forcément politique, de la période. Les changements de régime, et en particulier la mise en place du Consulat, ne causent pas de troubles particuliers après cette période.

Les premières concessions dont jouit la ville et ses habitants sont octroyées par l'évêque Cauchon en 1433. Il faut attendre le 30 mars 1448 pour que l'évêque Thomas Basin concède à Lisieux une commune et les privilèges qui s'y attachent.

Siège d'un évêché (l'évêque reste jusqu'à la Révolution le personnage prépondérant de la cité), la ville compte trois paroisses : Saint-Germain, Saint-Jacques et Saint-Désir, qui deviendront ensuite trois communes. Elle est également le siège d'un grenier à sel, dont l'octroi est géré par la ville, ainsi que d'une élection et subdélégation de la Généralité et intendance d'Alençon. Lisieux dépend du bailliage d'Orbec et de la maîtrise d'Argentan.

Saint-Jacques a fusionné le 29 janvier 1960 avec Lisieux, mais ce n'est pas le cas de Saint-Désir qui forme toujours une commune.

Le fonds des archives communales de Lisieux a une histoire mouvementée. Il a fait l'objet de destructions anciennes, notamment durant les Guerres de Religion, lors de la prise de la ville par les Protestants en 1562, ce qui occasionne de nombreuses lacunes pour les années 1560-1570.

Les archives anciennes ont été déposées en 1931 dans la tour nord de la cathédrale de Lisieux, suite à un manque de place à la Bibliothèque où elles étaient auparavant conservées, le bibliothécaire de la commune assurant en même temps le rôle d'archiviste. Un certain nombre de documents, les plus rares et les plus anciens, comme le coutumier de la ville, étaient exposés dans le musée municipal. Ces documents ont malheureusement été détruits au mois de juin 44, qui voit aussi la mort dans les bombardements du bibliothécaire-archiviste, alors que le reste des archives a été globalement peu touché.

Face aux difficultés de la reconstruction, les archives sont laissées en l'état dans la cathédrale, puis déplacées en partie dans les greniers de l'ancienne bibliothèque suite à une visite de l'inspecteur général des Archives en 1958. Un nouveau classement par la société IFODA a lieu en 1966, mais il ne concerne que les archives postérieures à la Révolution. Ils font alors le choix, discutable, du système décimal en vigueur en bibliothèque. Malgré plusieurs démarches pour trouver un lieu plus adapté, 41 mètres d'archives anciennes et modernes, dont 25 mètres d'archives anciennes, sont toujours recensées dans la cathédrale en 1976. Cette situation perdure jusqu'en 1982, date à laquelle la totalité des archives est déménagée au dernier étage de la bibliothèque, toujours en charge des archives de la ville.

Plusieurs classements successifs ont lieu après celui de la société IFODA dans les années 1980, permettant de repérer des lacunes dans la série ancienne. Mais ces différents classements, ne concernent jamais la totalité du fonds et ne donnent pas lieu à des inventaires complets.

Le dépôt exceptionnel des archives aux Archives départementales dans les années 1990 a pu sauver les archives anciennes, sans régler le problème sur le fond, même si la ville a entrepris à nouveau quelques opérations de classements en 2014.

Les Archives de Lisieux ont été déposées, selon des modalités exceptionnelles pour une commune de cette importance, entre 1993 et 1995 pour les archives anciennes ; et dans les années suivantes pour les archives modernes.
 

La totalité des archives de Lisieux antérieures à 1945 est conservée aux Archives du Calvados (décrite dans cet instrument de recherche). Quelques documents postérieurs à 1945 y figurent également.

Le fonds des archives communales de Lisieux est le plus ancien et le plus volumineux des fonds d'archives communales conservées aux Archives départementales du Calvados. L'intérêt particulier de ce fonds est renforcé par la rareté en Basse-Normandie de tels ensembles aussi complets, notamment pour la série des registres de délibérations ou de comptes, alors que beaucoup de fonds communaux ont été perdus en juin 1944. L'importance de ce fonds n'était jusqu'ici pas éclairé par l'état des inventaires existants, anciens et incomplets, et par l'absence de cotation pour une grande partie des dossiers.

Les archives de l'ancienne commune de Saint-Jacques, déposées aur Archives du Calvados, ont fait l'objet d'un inventaire spécifique.

Voir l'inventaire 154J - Fonds Yvette Roudy.